Wystawa stanowi syntezę andyjskiej sztuki kolonialnej: malarstwa, rzeźby, stolarstwa, rzeźby, kowalstwa artystycznego, złotnictwa, srebrnictwa, tkactwa i meblarstwa.
Najważniejsze obiekty w posiadaniu muzeum:
Siedem obrazów namalowanych w Cuzco przez Francisco Isidoro de Moncada w połowie XVIII wieku. Dziewica z Dzieciątkiem, św. Franciszek i św. Klara (1602), olejny obraz na płótnie autorstwa włoskiego malarza Angelino Medoro (1576-1631). Seria o życiu św. Franciszka, 54 obrazów olejnych w formacie poziomym, namalowanych w Cuzco w latach 1668–1684. Seria o św. Dydaku z Alkali, 47 obrazów namalowanych w Cuzco przez anonimowego artystę w latach 1705–1715. Rzeźby ze szkoły z Quito. Drzewo genealogiczne zakonu franciszkanów, złożone z 644 miniaturowych portretów. Oryginalny medal i dyplom Nagrody Nobla w dziedzinie literatury, podarowane przez poetkę Gabrielę Mistral narodowi chilijskiemu.