Opuszczenie tego miejsca i zanurzenie się w mule, które pozostawiło widoczną jedynie górną część kościoła, stworzyło obraz romantycznej ruiny, który utrzymywał się aż do lat 90. XX wieku.
Po 1995 w ramach szeroko zakrojonej kampanii archeologicznej prowadzonej przez Instituto Português do Património Arquitectónico oczyszczono ruiny z błota i wody, które okazały się być w wyjątkowo dobrym stanie. Wykopaliska pozwoliły na odkrycie dużej liczby fragmentów architektonicznych i dekoracyjnych, około 70 pochówków, z których wydobyto szkielety, 66 płyt nagrobnych, a także lepsze zrozumienie planu klasztoru. W 2001 klasztor został ponownie zalany przez wylew rzeki Mondego; później zdecydowano się na wykonanie otaczającej klasztor „grobli” o głębokości kilku metrów i wysokości kilku metrów. W 2007 rozpoczęto budowę muzeum. Koszt restauracji i budowy muzeum wyniósł 15 mln euro, a projekt ukończono w kwietniu 2009.
W 2016, na skutek silnych opadów deszczu i nagłego spuszczenia wody przez tamę w Aguieira, obszar klasztoru ponownie został częściowo zalany, uszkodzeniu uległa też sztuczna bariera zabezpieczająca przed wodami rzeki Mondego, zbudowana podczas prac restauracyjnych. Po przeprowadzeniu prac remontowych obiekt ponownie otwarto dla publiczności w 2023.