Nawa była dawniej podzielona na dwie części: jedną dostępną publicznie i drugą zarezerwowaną dla zakonnic, rozdzielone ścianką działową. Podwyższony chór, obecnie niezachowany, mieścił niegdyś grób królowej Izabeli. Apsydę kościoła tworzą trzy kaplice o kształcie wielokąta, z których największa jest kaplica centralna. Kaplica centralna utraciła kamienny dach i dawniej była oświetlana trzema oknami. mały|262x262px|Plan klasztoru Portal na południowej fasadzie kościoła łączy go z ruinami krużganka, które zachowały się do poziomu podwójnych kolumn łuków. Kapitele zdobione są motywami roślinnymi. Widoczne są również pozostałości gotyckiej fontanny z okrągłym basenem.
Wykopaliska odsłoniły również fundamenty kapitularza, refektarza, mniejszego krużganka i dawnego pałacu królowej Izabeli.
Sztuka mały|264x264px|Artefakty odnalezione w trakcie wykopalisk, na ekspozycji w muzeum Przez stulecia klasztor i kościół były ozdabiane dziełami sztuki religijnej, które obecnie są rozproszone. W klasztorze Santa Clara-a-Nova, do którego w XVII wieku przeniesiono zakonnice, znajdują się trzy gotyckie grobowce, również przeniesione z Santa Clara-a-Velha, w tym grobowiec królowej Izabeli. Jej grobowiec, datowany na około 1330, przedstawia jej naturalnej wielkości leżącą postać nad wiekiem grobowca.