Służba wojskowa i duszpasterstwo kombatantów Działalność o. Jana Golonki była silnie związana ze środowiskami mundurowymi. 11 listopada 1989 roku prezydent RP na uchodźstwie Ryszard Kaczorowski mianował go kapelanem w korpusie duszpasterstwa, a rok później powierzono mu obowiązki Jasnogórskiego Duszpasterza Kombatantów.
W 1992 roku rozpoczął posługę w Ordynariacie Polowym Wojska Polskiego jako kapelan pomocniczy oraz proboszcz Garnizonu Częstochowa. Posługiwał także w Wojewódzkim Sztabie Wojskowym, Wojskowej Komendzie Uzupełnień oraz w garnizonie w Tarnowskich Górach (gdzie zorganizował kaplicę garnizonową). Towarzyszył żołnierzom podczas zajęć poligonowych oraz organizował duszpasterstwo rodzin wojskowych. Dwukrotnie pełnił funkcję dekanalnego ojca duchownego Krakowskiego Okręgu Wojskowego. Szesnastokrotnie współorganizował Piesze Pielgrzymki Żołnierzy Wojska Polskiego na Jasną Górę.
Awansował na kolejne stopnie oficerskie, docierając w 2007 roku do stopnia pułkownika Wojska Polskiego. W 2008 roku otrzymał godność kanonika honorowego Kapituły Katedry Polowej Wojska Polskiego pw. Matki Bożej Królowej Polski.