W XVI i XVII wieku dobudowano kaplice boczne. W 1559 roku kościół ustanowiono katedrą diecezji Ieper. W II połowie XVIII wieku zamknięto cmentarz funkcjonujący wokół świątyni.
W 1797 świątynia została wywłaszczona podczas rewolucji francuskiej, a dwa lata później zakupiona przez Brugijczyka z zamiarem czerpania zysków z materiałów rozbiórkowych. W 1800 katedrę ponownie nabyła diecezja Ipres, która przywróciła ją do funkcji sakralnej. W 1801 diecezję zlikwidowano, Ieper włączono w skład diecezji gandawskiej i ustanowiono siedzibą dekanatu, a w 1834 tereny te przyłączono do biskupstwa brugijskiego. W latach 1803–1805 sprzedano część wyposażenia i pobielono ściany, a w 1833 przemalowano wnętrze kościoła. W 1842 rozpoczęto wieloetapową renowację trwającą aż do wybuchu I wojny światowej.
Kościół został zniszczony wskutek działań wojennych 22 listopada 1914 roku. Odbudowę wg projektu Julesa Coomansa rozpoczęto wmurowaniem kamienia węgielnego 2 listopada 1922. W 1927 ukończono budowę dachu, a w 1928 rozpoczęto prace nad wieżą (którą zwieńczono nieistniejącą przed wojną iglicą). W Niedzielę Palmową 1930 konsekrowano zrekonstruowany kościół. Podczas budowy dachu i iglicy wieży w celach przeciwpożarowych wykorzystano żelbet.