państwa czarnodunajeckiego.
Od 1879 do 1896 roku Czarny Dunajec był zaliczany do miasteczek.8 stycznia 1905 roku powstała tutaj spółdzielnia pod nazwą Towarzystwo Zaliczkowe, która nie tylko udzielała kredytów, ale również pomagała członkom w oszczędzaniu, sprawach finansowych i gospodarczych. W 1925 roku zmieniła nazwę na Bank Spółdzielczy. Obecnie jej tradycje kontynuuje Bank Spółdzielczy w Czarnym Dunajcu.
W okresie międzywojennym stacjonował w miejscowości komisariat Straży Granicznej oraz funkcjonowało kolejowe przejście graniczne Czarny Dunajec-Suchá Hora. W latach 1925–1934 Czarny Dunajec posiadał prawa miejskie.
8 września 1939 roku żołnierze Wehrmachtu rozstrzelali 2 mieszkańców i spalili ogółem 36 budynkówJózef Fajkowski, Jan Religa: Zbrodnie hitlerowskie na wsi polskiej 1939–1945. Warszawa: Wydawnictwo Książka i Wiedza, 1981, s. 241.Rozstrzelani to Jan Gliściński i Władysław Ogrodny.
W latach 1975–1998 miejscowość administracyjnie należała do województwa nowosądeckiego.