Archiwum zupełnie straciło autonomię na początku lat 50. W trakcie kolejnych reorganizacji państwowego przedsiębiorstwa ČSF Archiwum Filmowe i jego poszczególne działy były przyłączane do różnych przedsiębiorstw i jednostek. W 1963 roku ponownie utworzono ČSFÚ, z podległym mu Archiwum Filmowym. W 1975 roku Instytut Filmowy stał się niezależną jednostką gospodarczą i jednocześnie uzyskał osobowość prawną. Archiwum Filmowe pod jego auspicjami funkcjonowało aż do końca lat osiemdziesiątych.
W 1990 roku ČSFÚ został zreorganizowany i przemianowany na Czeski Instytut Filmowy (ČFÚ). Niedługo potem, decyzją ministra kultury, państwowa organizacja gospodarcza ČFÚ została przekształcona w państwową instytucję dotowaną o nazwie Narodowe Archiwum Filmowe (NFA).
Znaczenie instytucji Czeskie Archiwum Filmowe stanowi kluczową instytucję archiwistyczną w Czechach, ale też sprawuje opiekę nad kinematografią czeską. Organizacja aktywnie uczestniczy w działalności naukowej, wydawniczej oraz wystawienniczej, promując dziedzictwo filmowe i wspierając rozwój współczesnego kina czeskiego.