W listopadzie 1938 została aresztowana w Zurychu i wydalona ze Szwajcarii, po czym przeniosła się do Anglii, gdzie kierowała emigracyjnymi strukturami KPD i nawiązała współpracę z Harrym Polittem, jednym z założycieli Komunistycznej Partii Wielkiej Brytanii. mały|Grób Margarete Wittkowski Po zakończeniu wojny Margarete Wittkowski wróciła do Berlina i początkowo pracowała jako dziennikarka ekonomiczna. W 1946 r. została członkiem SED. Wraz z Jürgenem Kuczynskim założyła tygodnik Die Wirtschaft i przez pewien czas kierowała działem ekonomicznym partyjnego dziennika Neues Deutschland. W 1948 r. objęła obowiązki wiceprzewodniczącej Centralnej Administracji Planowania w Niemieckiej Komisji Gospodarczej. W latach 1951–1954 pełniła funkcję prezesa Związku Niemieckich Spółdzielni Konsumenckich. Między 1953 a 1954 r. pełniła obowiązki ministra handlu i zaopatrzenia. W 1954 r. została członkiem Komitetu Centralnego SED. Od 1954 do 1958 r. pełniła funkcję wiceprzewodniczącej w Państwowej Komisji Planowania.