W rezultacie Najstarsza Siedziba pozostaje opanowana przez Syk i zamknięta, aby uniemożliwić mu ucieczkę. Jesse pogodziła się jednak ze swoją nową rolą dyrektorki i postanawia znaleźć rozwiązanie wraz z ocalałymi pracownikami Federalnego Biura Kontroli.
Rozszerzenia Fundament Jesse zostaje wezwana przez Zarząd do Fundamentu (ang. Foundation), jaskiniowego obszaru leżącego w centrum Najstarszej Siedziby, w którym znajduje się Gwóźdź (ang. Nail), obiekt łączący Najstarszą Siedzibę z Płaszczyzną Astralną. Jesse odkrywa, że Gwóźdź został poważnie uszkodzony, co powoduje wyciek z Płaszczyzny Astralnej do Najstarszej Siedziby i może mieć katastrofalne skutki. Podczas gdy Jesse próbuje odzyskać Gwóźdź, szuka miejsca pobytu Helen Marshall, która weszła do Fundamentu podczas inwazji Syku i zaginęła. W międzyczasie Jesse odkrywa dzienniki pozostawione przez Theodore'a Asha Jr., byłego kierownika badań, który brał udział w pierwszych wyprawach do Najstarszej Siedziby w 1964 roku. Ash ujawnia, że dyrektor Broderick Northmoor, poprzednik Zachariaha Trencha, uległ wpływom Zarządu podczas wyprawy i był odpowiedzialny za radykalną zmianę Biura, aby służyło interesom Zarządu.