Stało się to przy niejednoznacznej postawie opinii publicznej obu narodów.
Polityka Pierwsze lata po rozpadzie na dwa osobne państwa przyniosły stagnację we wzajemnych relacji z powodu polityki premiera Słowacji Vladimíra Mečiara. Zmiana władzy w Bratysławie w 1998 roku przyniosła poprawę i pogłębienie dwustronnych relacji, które zaczęto określać jako ponadstandardowe. Wyrazem tego był m.in. zwyczaj składania przez nowych prezydentów i premierów Czech obu państw pierwszych wizyt zagranicznych na Słowacji (i vice versa). W 2012 roku zainaugurowano format bilateralnych konsultacji międzyrządowych.
Od 2023 roku, po powrocie do władzy na Słowacji przez obóz Roberta Ficy, zaobserwowano pogorszenie relacji między oboma krajami. Różnice dotyczyły przede wszystkim innego podejścia do Ukrainy i Rosji - strona czeska pod rządami premiera Petra Fiali zajmujmowała konsekwentnie postawę proukraińską, podczas gdy Słowacja pod rządami Ficy zaczęła przejawiać postawę uznawaną za ambiwaletną lub prorosyjską.