Po uzyskaniu niepodległości przez Ukrainę drużyna rezerwowa Bukowyny zmieniła nazwę na Bukowyna-2. Zespół kontynuował występy w mistrzostwach obwodu czerniowieckiego. W sezonie 2001 zespół debiutował w amatorskich mistrzostwach Ukrainy, w których w zajął ostatnie czwarte miejsce w grupie 1. W 2012 roku klub zmienił nazwę na Bukowyna-2-LS, a w 2013 ponownie startował w amatorskich mistrzostwach Ukrainy, gdzie znów zajął ostanie szóste miejsce w grupie 1. W 2016 klub przywrócił nazwę Bukowyna-2.
Latem 2025 roku klub zgłosił się do rozgrywek Druhiej Lihi i otrzymał status profesjonalny.
Barwy klubowe, strój, herb, hymn
Klub ma barwy żółto-czarne. Piłkarze domowe spotkania zazwyczaj grają w żółtych koszulkach, żółtych spodenkach oraz żółtych getrach.
Sukcesy Trofea międzynarodowe Do chwili obecnej klub jeszcze nigdy nie zakwalifikował się do rozgrywek europejskich.
Trofea krajowe
Druha liha (D3): ?.miejsce (1x): 2025/26 (gr.A)
Poszczególne sezony
Rozgrywki międzynarodowe Europejskie puchary Nie uczestniczył w rozgrywkach europejskich.
Rozgrywki krajowe
Piłkarze, trenerzy, prezydenci i właściciele klubu
Piłkarze
Aktualny skład zespołu Klub ma wspólną listę zawodników na sezon z pierwszą drużyną Bukowyny Czerniowce.
Trenerzy
... od 07.2025: Dmytro Jefimow