Dlatego w latach: 1890-1907 zamknięto kościół w Chodywańcach pod pretekstem jego złego stanu technicznego. Proboszcza i wielu parafian wywieziono na Sybir, natomiast teren ten postanowiono przyłączyć do parafii w Tomaszowie Lub. i w Gródku.
Kolejnym ciężkim okresem była II wojna światowa: aresztowania, wywożenie do obozów, wysiedlenia. W 1941 r. Niemcy aresztowali proboszcza, ks. Edwarda Gajewskiego, wywożąc go do KL Auschwitz, gdzie zginął 6 stycznia 1943 r. Z kolei 13 kwietnia 1944 r. (czwartek po Wielkanocy) nacjonaliści ukraińscy z OUN-UPA zamordowali w wiosce administratora parafii, ks. Jakuba Jachułę razem z 41 innymi parafianami. W r. 1947, po przeniesieniu siedziby parafii do Jarczowa, przez okres 2 lat w Chodywańcach był kościół narodowy. W r. 1951 przybyły tutaj felicjanki z Uhnowa i zamieszkały na plebanii (pracowały tu do r. 1983). Do r. 1962 prowadziły przedszkole. Nowa plebania została oddana do użytku w r. 1983.
Stare księgi parafialne zaginęły w czasie działań wojennych, natomiast z książek kościelnych zachował się jedynie rytuał z r. 1640 i 2 mszały z w. XIX.