„Endurance” został uwięziony w paku lodowym na Morzu Weddella zanim zdołał dotrzeć do celu. McNish zamontował wówczas m.in. osłonę przed wiatrem dla sternika, przeprojektował sypialnie załogi, a po uszkodzeniu statku przez napór lodu zbudował koferdam, aby zapobiec zalaniu statku. Przez całą antarktyczną zimę 1915 roku „Endurance” dryfował na północ, aż zaczął przeciekać i Shackleton wydał rozkaz jego opuszczenia. Załoga uratowała zapasy i sprzęt, i rozbito obóz na lodzie morskim w pobliżu wraku. McNish zaproponował zbudowanie nowego statku z drewna i gwoździ odzyskanych z wraku, ale Shackleton wolał wykorzystać trzy uratowane szalupy, ciągnąc je po lodzie na otwarte wody. McNish nie był zwolennikiem tego rozwiązania, co wyraził głośno – uważał, że ciągnięcie łodzi po twardym lodzie może je uszkodzić na tyle, że nie będzie można ich naprawić. Ponadto twierdził, że po opuszczeniu statku nie miał prawnego obowiązku wykonywania żadnych rozkazów i odmówił pomocy w holowaniu łodzi. Po interwencji Shackletona powrócił do swoich obowiązków, lecz Shackleton miał nigdy nie zapomnieć jego postawy i niesubordynacji.