Przywódcy C.F. von Schalburg był nominalnie krajowym przywódcą młodzieży aż do swojej śmierci 2 czerwca 1942. Jednak podczas pełnienia tej funkcji, był on zajęty innymi obowiązkami wojskowymi, przez co nie mógł w pełni poświęcić się pracy w NSU. W obu przypadkach na jego miejsce mianowano pełniącego obowiązki krajowego przywódcę młodzieży. W 1940 roku von Schalburg udał się do Finlandii, aby walczyć po stronie fińskiej przeciwko Związkowi Radzieckiemu. Za drugim razem Schalburg wstąpił do Waffen-SS i walczył na froncie wschodnim, na którym zginął 2 czerwca 1942 jako dowódca Ochotniczego Legionu Duńskiego (Frikorps Danmark).

Nowy przywódca NSU, Hans Jensen, oddzielił NSU od DNSAP 15 września 1943 roku. Od tej pory NSU otrzymywało fundusze bezpośrednio od okupanta, co pozwoliło na zwiększenie aktywności. W pierwszych latach wojny NSU zmagało się z wewnętrznymi walkami o władzę, ale po śmierci von Schalburga, wraz z mianowaniem Hansa Jensena na krajowego przywódcę młodzieży, walki o władzę ustały.

Rozwiązanie 15 marca 1945 roku, gdy wojna dobiegała końca, NSU ponownie podporządkowano DNSAP. DNSAP znajdowała się wówczas w stanie rozpadu, a NSU również powoli się rozpadała.