W 1941 klasztor został zamknięty przez władze nazistowskie. Zabudowania służyły jako uczelnia, miejsce składowania zrabowanych dzieł sztuki i biuro Gestapo, a przez krótki czas urzędował tu wydalony prezydent Słowacji ks. Jozef Tiso. Po wyzwoleniu klasztoru przez wojska amerykańskie w maju 1945 zakonnicy uzyskali zgodę na powrót, 28 lipca tłum mieszkańców powitał opata Ignatiusa Schachermaira. W 1970 zakonnicy z Kremsmünster utworzyli misję w brazylijskim mieście Barreiras, którą w 1979 wyniesiono do rangi diecezji, a pierwszym biskupem został mnich . W 2011 ostatni mnich z Barreiras wrócił do Kremsmünster, lecz klasztor wciąż utrzymuje kontakty z brazylijską diecezją. W 2013 zamknięto seminarium, a w latach 2014–2016 wyremontowano i rozbudowano budynek gimnazjum.
Zabudowania Kolegiata, pierwotnie romańska, pochodzi z XIII wieku, wzniesiono ją na miejscu poprzedniej świątyni zniszczonej przez pożar. Świątynię przebudowano w stylu barokowym w dwóch etapach, w latach 1613–1639 i 1669–1703. Ołtarz główny z obrazem Przemienienia Pańskiego wykonał w 1712 roku , z tego samego roku pochodzi krypta pod prezbiterium. Filary kościoła dekoruje tapiseria. Nagrobek legendarnego Gunthera pochodzi z 1304 roku.