Houghton wrócił do Plymouth Argyle 25 czerwca 2021. Powtórny debiut dla nich zaliczył 7 sierpnia 2021 w przegranym 0:2 spotkaniu przeciwko Rotherham United. Swojego drugiego gola dla tego klubu strzelił 13 listopada 2021 w meczu z Accrington Stanley (4:1). 30 kwietnia 2022 w starciu z MK Dons (0:5) po dwóch żółtych kartkach w pierwszej połowie meczu otrzymał czerwoną kartkę i musiał opuścić boisko. W sezonie 2022/2023 wygrał z nimi EFL League One, dzięki czemu jego drużyna awansowała do EFL Championship. W części spotkań w sezonach 2023/2024 i 2024/2025 pełnił funkcję kapitana swojej drużyny. Łącznie po powrocie do Plymouth Argyle Houghton rozegrał dla nich 174 mecze i strzelił jedną bramkę.
Doncaster Rovers Houghtona pierwszy raz wypożyczono do Doncaster Rovers 6 sierpnia 2016. Debiut dla nich zaliczył 9 sierpnia 2016 w przegranym 2:3 spotkaniu przeciwko Accrington Stanley. Pierwszego gola strzelił 26 listopada 2016 w meczu z Leyton Orient (3:1). Ostatecznie na pierwszym wypożyczeniu w ich barwach wystąpił 36 razy i zdobył jedną bramkę. 31 sierpnia 2017 Houghton ponownie został wypożyczony do Doncaster Rovers. 4 listopada 2017 w starciu w ramach Pucharu Anglii z Ebbsfleet United (6:2) strzelił swojego drugiego gola dla tego klubu.