Podlegał mu bezpośrednio zastępca kierownika, inspektor składnic i kierownik kancelarii z personelem pomocniczym. Biuro kierownictwo posiadało dwa wydziały: administracyjny i zakupów. Instytut badań miał dwie pracownie: farmaceutyczno-chemiczną i techniczną. Zarządcy Głównej Składnicy Sanitarnej podlegały cztery działy (oporządzenia polowego, farmaceutyczny i środków opatrunkowych, przyrządów, narzędzi i przyborów oraz przetwórczo-naprawkowy), pracownia farmaceutyczna, warsztaty naprawkowe i ekspedycja. Kierownikami GSS byli oficerowie aptekarze: ppłk Romuald Złotogórski (od września 1930 do października 1931) i mjr Stefan Włostowski (od października 1931 do grudnia 1935).
W tym samym terminie (1 kwietnia 1929) pomocnicze składnice sanitarne rozpoczęły funkcjonowanie na zasadach ustalonych w przepisie o „Administracji w wojskowych zakładach zaopatrzenia w czasie pokoju”. Pomocnicze składnice sanitarne powstały w wyniku przekształcenia dotychczasowych okręgowych składnic sanitarnych. Składy osobowe pomocniczych składnic sanitarnych obowiązywały od 15 stycznia 1929. Skład osobowy typu I posiadały składnice w Warszawie, Grodnie, Krakowie, Lwowie i Poznaniu, natomiast skład osobowy typu II posiadały składnice w Lublinie, Łodzi, Toruniu, Brześciu i Przemyślu.