Korupcja to zbyt złożone pojęcie, by można je było ująć w jednym punkcie. Na przykład charakter korupcji na obszarach wiejskich w Kansas będzie inny niż w administracji miejskiej Nowego Jorku, a mimo to wskaźnik mierzy je w ten sam sposób. Mierząc postrzeganie korupcji, a nie samą korupcję, CPI może po prostu wzmacniać istniejące stereotypy. Wskaźnik mierzy wyłącznie korupcję w sektorze publicznym, ignorując sektor prywatny. Oznacza to na przykład, że czy skandal emisyjny VW nie są zaliczane do działań korupcyjnych.
W artykule z 2013 roku w czasopiśmie „Foreign Policy” Alex Cobham zasugerował, że CPI powinien zostać wycofany dla dobra Transparency International. Argumentuje on, że CPI utrwala w powszechnej percepcji korupcji silne i mylące uprzedzenia elit, co potencjalnie przyczynia się do błędnego koła i jednocześnie zachęca do niewłaściwych reakcji politycznych. Cobham pisze: „wskaźnik ten wypacza percepcję do tego stopnia, że trudno znaleźć uzasadnienie dla jego dalszej publikacji”.
Transparency International publikuje także , który klasyfikuje kraje według poziomu korupcji, wykorzystując bezpośrednie badania ankietowe zamiast opinii ekspertów.