Z Łobzowa została wysłana do laboratorium bakteriologicznego w Pergine we Włoszech, gdzie zajmowała się badaniem malariiŚwiadectwa pracy Zofii Milińskiej-Szwojnickiej z laboratoriów w Łobzowie i Pergine zaginęły podczas powstania warszawskiego..
Po powrocie do kraju pracowała w laboratorium bakteriologiczno-serologicznym Zakładu Bakteriologii Twierdzy Kraków, którego kierownikiem był prof. Józef Kostrzewski.
mały|Zofia Milińska-Szwojnicka w Państwowym Zakładzie Higieny, Warszawa, ok. 1937 mały|Zofia Milińska-Szwojnicka (po lewej), Warszawa, 1945
Praca w Państwowym Zakładzie Higieny W 1919 rokuOd 1 maja 1919 roku. została powołana przez ówczesnego ministra zdrowia prof. Tomasza Janiszewskiego na stanowisko asystentki naukowej w Państwowym Centralnym Zakładzie Epidemiologicznym w Warszawie, przemianowanym w 1923 roku na Państwowy Zakład Higieny. Pracowała najpierw w Dziale Wyrobu Szczepionek pod kierunkiem dr. Ludwika Rajchmana, a następnie w Dziale Bakteriologii Ogólnej i Medycyny DoświadczalnejWarszawski Kalendarz Lekarski na r. 1929, cz. III: Informacyjna, red. Lucjan Birencwajg, s. 35. pod kierunkiem prof. Ludwika Hirszfelda. W roku 1930 kierowała Pracownią Diagnostyczną Wassermana, prowadząc badania nad antygenami kiły, rzeżączki, bąblowicy, twardzieli i mononukleozy zakaźnej.