Klasyfikacja Estoński należy do grupy języków bałtycko-fińskich jako gałąź języków uralskich. Estoński jest blisko spokrewniony z językiem fińskim, używanym po drugiej stronie Zatoki Fińskiej i jest jednym z niewielu języków europejskich nienależących do pnia języków indoeuropejskich, pomimo tego że duży procent słownictwa pochodzi z języka niemieckiego, szwedzkiego, łotewskiego i rosyjskiego, które są językami indoeuropejskimi.
Język estoński ma bardzo silne wpływy germańskie (głównie z niemieckiego i szwedzkiego), około 30% wszystkich słów pochodzi z tych języków, w tym najwięcej z języka dolnoniemieckiego, uznawanego za język niezależny lub za odmianę języka niemieckiegoLiin, Helgi .
Tak jak fiński i węgierski, język estoński jest językiem aglutynacyjnym, ale w przeciwieństwie do nich utracił harmonię samogłosek, choć w starych tekstach można się dopatrzyć jej istnienia.
Alfabet estoński
Współczesny estoński język literacki powstał w XVII wieku.