Obrony podjął się słynny adwokat Clarence Darrow, a oskarżenie reprezentował trzykrotny kandydat na prezydenta USA, William Jennings Bryan.
Kluczowym momentem procesu było przesłuchanie Bryana (jako eksperta od Biblii) przez Darrowa, które odbyło się na dziedzińcu sądu ze względu na upał. Darrow zadawał Bryanowi pytania dotyczące dosłownej interpretacji Biblii, próbując wykazać jej sprzeczności z nauką. Ostatecznie, na wniosek samej obrony, Scopes został uznany za winnego i skazany na grzywnę w wysokości 100 dolarów.
Bryan zmarł pięć dni po zakończeniu procesu. Wyrok Scopesa został później uchylony z przyczyn proceduralnych przez Sąd Najwyższy Tennessee. Ustawa Butlera pozostała jednak w mocy aż do 1967 roku.
Życie po procesie Po procesie Scopes porzucił nauczanie i, dzięki stypendium od wdzięcznych naukowców, ukończył studia magisterskie z geologii na Uniwersytecie Chicagowskim w 1927 roku.
W 1930 roku ożenił się z Mildred Walker, z którą miał dwóch synów. Pracował jako geolog naftowy dla Gulf Oil w Wenezueli, a później w Stanach Zjednoczonych, głównie w Teksasie i Luizjanie.
W 1932 roku, idąc w ślady ojca, bezskutecznie kandydował do Kongresu z ramienia Partii Socjalistycznej.
W 1967 roku opublikował swoją autobiografię Center of the Storm.