Życie prywatne Na przełomie lat 50. i 60. XX wieku jego partnerem był dramaturg Edward Albee. Związał się następnie z producentem Tomem Kirdahym, z którym zamieszkał w nowojorskiej dzielnicy Greenwich Village. Para zarejestrowała swój związek w 2003 roku, siedem lat później wzięła ślub w Waszyngtonie.

Do lat 80. zmagał się z uzależnieniem od alkoholu. W 2001 roku wykryto u niego raka płuc, zmarł 24 marca 2020 roku w szpitalu w Sarasocie; przyczyną śmierci był COVID-19.

Miał młodszego o sześć lat brata Petera.

Kontrowersje W 1999 roku wystawiono w Wielkiej Brytanii sztukę Corpus Christi, w której Jezusa Chrystusa przedstawiono jako homoseksualistę. Sztuka ta spotkała się z silną krytyką zarówno wśród chrześcijan, jak i muzułmanów, wydano nawet fatwę skazującą McNally’ego na śmierć. Z krytyką mierzył się także w Stanach Zjednoczonych, gdzie otrzymywał groźby śmierci.