Dalsze etapy fazy pucharowej pozostaną bez zmian, z tym, że turniej od ćwierćfinałów będzie rozgrywany w formie pojedynczych meczów na stadionach w Arabii Saudyjskiej.
Miejsca dla federacji zostały rozdzielane poprzez współczynnik ligowy AFC z sezonu 2024/2025. W edycji 2025/2026 Ligi Mistrzów może wziąć udział 26 zespołów z 12 federacji piłkarskich zrzeszonych w AFC.
Prawo udziału w rozgrywkach można będzie uzyskać poprzez:
zajęcie odpowiedniego miejsca w tabeli ligowej, zwycięstwo w odpowiednim pucharze krajowym, zwycięstwo w edycji 2024/2025 Ligi Mistrzów AFC (jeśli zdobywca tego trofeum nie uzyska miejsca w Lidze Mistrzów AFC 2024/2025 dzięki pozycji zajętej w rozgrywkach krajowych).
Grupa Zachodnia Lp.FederacjaPunktyFaza ligowaFaza kwalifikacyjna1103.14830274.873370.33021468.6401547.2590637.118Grupa Wschodnia Lp.FederacjaPunktyFaza ligowaFaza kwalifikacyjna196.99930293.600357.76421449.5461534.7030631.331