Młody lekarz był pod wrażeniem, gdy dowiedział się, że katedra została wzniesiona ze składek ubogich wiernych z okolicy, a nie ze środków zagranicznych.
W 1932 roku, w wieku 24 lat, Nagai ukończył studia z wyróżnieniem i jako najlepszy student został wybrany do wygłoszenia przemówienia na uroczystości wręczenia dyplomów. Nie mógł wygłosić przemówienia, ponieważ kilka dni wcześniej, po kolacji z kolegami, poważnie zachorował na zapalenie opon. Chorym opiekowała się starsza katoliczka, którą widywał odmawiającą różaniec. Kobieta prosiła o jego uzdrowienie i dar wiary. Uniknął śmierci, ale stracił słuch w prawym uchu. Ze względu na utratę słuchu nie mógł praktykować jako internista, został zatrudniony jako radiolog.
Wieczorem 24 grudnia 1932 roku Nagai został zaproszony na wigilijną kolację przez gospodarzy Moriyama, podczas której poznał ich jedyną córkę, Midori;