W 2006 powołany na stanowisko sekretarza stanu (wiceminister) w Ministerstwie Spraw Wewnętrznych Federacji Rosyjskiej.
W latach 2007–2008 współprowadził z Natalią Mintz talk show pt. Большое жюри (pl. Wielkie jury) w rosyjskiej stacji telewizyjnej „Zwiezda”Заместитель министра внутренних дел России генерал-лейтенант милиции Николай Овчинников, simech.ru, [dostęp 2025-10-23]..
Od 2010 do 2014 roku piastował stanowiska ministerialne w MSW FR przy wewnętrznej oświacie ministerstwa (kształcenie zawodowe kadr MSWГенерал МВД России Николай Овчинников возглавит борьбу с оргпреступностью в СНГ, people.oficery.ru, [dostęp 2025-10-23].) i bezpieczeństwie wewnętrznym (dyrektor Biura Koordynacji Walki z Przestępczością Zorganizowaną i Innymi Niebezpiecznymi Rodzajami Przestępczości na Terytorium Państw Członkowskich WNP). W 2011 otrzymał awans na stopień generała pułkownika PolicjiУказ Президента РФ от 6 мая 2011 г. № 598 является одним из нормативных актов, который устанавливает присвоение специальных званий высшего начальствующего состава сотрудникам органов внутренних дел и их назначение на должности. Такой указ определяет порядок присвоения званий, например, при назначении на должности, соответствующие званию, или при назначении на должность сотрудника, base.garant.ru, [dostęp 2025-101-24]..