Podczas jednej z wizyt 5 maja 1741 roku w Palais Schwarzenberg w Wiedniu księżna Eleonora Amalia zmarła, nie dożywszy sześćdziesięciu lat. Franz von Gerstoff, lekarz cesarski, zlecił przeprowadzenie sekcji zwłok, w wyniku której stwierdzono, że przyczyną zgonu był rak szyjki macicy. Jej ciało przewieziono z Wiednia do Czeskiego Krumlova i złożono pod kaplicą św. Jana Nepomucena w kościele św. Wita. Według legendy o wampirach, miało to zapobiec włóczeniu się jej nieumarłego ciała po wiedeńskiej krypcie rodzinnej i żerowaniu na jej krewnych, zamieniając ich w wampiry. Jej śmierć zbiegła się z apogeum paniki wampirycznej ogarniającej Europę Środkową i Wschodnią. Pogrzeb odbył się pięć dni po jej śmierci. Wieczorem z zamku wyruszył kondukt pogrzebowy, a prostą, nieozdobioną trumnę nieśli ubodzy. W procesji nie uczestniczyli w niej bliscy krewni. Jej trumna została złożona w grobowcu, przysypana poświęconą ziemią, a po ceremonii wejście do krypty zostało zamurowane kamieniem nagrobnym z granitu, wykonanym w 1742 roku przez kamieniarza Matyáša Planskera.