Księżna nigdy nie była zdrową kobietą – cierpiała na bóle głowy, bezsenność, problemy z trawieniem i problemy z płucami.
Pierwsze dziecko, córka Maria Anna (1706–1755), przyszła na świat dopiero w 1706 roku, a więc pięć lat po ślubie. Kolejna ciąża, w 1709 roku, zakończyła się poronieniem. Mimo że Adam Franciszek – jako jedyny męski potomek rodu – pilnie potrzebował syna, w 1710 roku doszło do niemal dwunastoletniego kryzysu małżeńskiego. Eleonora Amalia, podejrzewana o zdradę, została przez męża wydalona z Wiednia. Adam oskarżył ją że spała z francuskim oficerem podczas wizyty u ojca w Neustadt. Dodał, że jeden z jej pracowników na nią doniósł – ale nigdy nie ujawnił, kto to był, a jego wersja wydarzeń podobno zmieniała się kilkakrotnie. Eleonora odwiedziła ojca w jego domu w Neustadt na początku 1710 roku i prawdopodobnie w tym samym czasie odwiedził go francuski oficer. Zachował się jeden list do jej ojca, od francuskiego oficera, podpisany „Św. Ludwik”.
Rzeczywistą przyczyną konfliktu były jednak najpewniej kwestie finansowe – z posagu Eleonory, ustalonego na 20 000 złotych reńskich, jej ojciec wypłacił za życia jedynie 3 000. Reszta musiała być dochodzona drogą sądową.