Wysłał więc przynajmniej nadwornego lekarza, lecz ten nie zdołał pomóc księciu. Od tego wydarzenia Karol VI zaczął używać lorgnonu o siedmiu dioptriach. Po tym wydarzeniu księżniczka otrzymywała od cesarza coroczne uposażenie. Miała teraz również wyłączną kontrolę nad rodzinnymi majątkami i finansami. Po śmierci Adama Franciszka cesarz zabrał syna Eleonory na swój dwór w Wiedniu i przyznał jej baronialne utrzymanie w wysokości 5000 guldenów.
Ponieważ Józef Adam był wówczas niepełnoletni, zarząd dóbr przejęła jego matka, Eleonora Amalia. Z powodu wyczerpanej skarbony rodowej, obciążonej inwestycjami budowlanymi jej męża, postanowiła osiąść na zamku w Czeskim Krumlovie, podczas gdy syn pozostał w Wiedniu, gdzie otrzymywał wykształcenie. Oprócz problemów finansowych doszły też kłopoty zdrowotne. Choć w 1735 roku brała jeszcze udział w polowaniu, podczas którego zabiła niedźwiedzia, coraz częściej pozostawała na zamku. Wyjeżdżała jedynie do uzdrowisk w Karlowych Warach lub z wizytą do syna w Wiedniu.