Casting i okres zdjęciowy Wraz z reżyserką castingu Nadią Lebik poszukiwał „wśród młodzieży mającej doświadczenie w szkołach muzycznych czy sportowych”. Do obsady czterech najważniejszych ról dziecięcych Domalewski wybrał Tobiasza Wajdę, Bunona Błach-Baara, Mikołaja Juszczyka i Filipa Juszczyka. Domalewski konsultował z wybranymi w ramach castingu młodocianymi aktorami słownictwo typowe dla nastolatków i jak zauważył: „Moi aktorzy po kilku dniach wiedzą o swoich postaciach więcej niż ja”. Zdjęcia kręcono w Warszawie (m.in. kościół ewangelicko-reformowany przy al. „Solidarności”) oraz w Nowym Dworze Mazowieckim. Za realizację zdjęć odpowiadał Piotr Sobociński jr., stały współpracownik Domalewskiego; scenografię zaprojektowała Jagna Dobesz. W listopadzie 2024 roku zakończył się okres zdjęciowy, a film skierowano do montażowni w celu postprodukcji. Montażem Ministrantów zajęła się inna doświadczona współpracowniczka Domalewskiego, Agnieszka Glińska, natomiast obróbką dźwięku – Jerzy Murawski.