Historia Koreański system bongwan powstał jako adaptacja chińskiego systemu klanów rodzinnych. Przyjmuje się, że został on stworzony pod koniec okresu Silla lub na początku okresu Goryeo, w wyniku polityki sinizacji prowadzonej przez królestwo Silla. Król T’aejo z Goryeo promował system bongwan, aby stabilnie rozdzielić rosnącą populację i stworzyć podstawę dla poboru podatków, jednocześnie kończąc przestarzały System rang kostnych (골품제도).
W licznych lokalnych administracjach (różnej wielkości i statusu) powstawały nowe klany. Niemal wszyscy Koreańczycy, w tym przedstawiciele kast Yangmin (lud wolny) i Cheonmin (lud niskiego stanu), identyfikowali się z jakimś bongwan od wczesnego okresu Goryeo aż po epokę Joseon. Bongwan związany z bogatym lub znaczącym regionem był powszechnie postrzegany jako źródło osobistej dumy, natomiast członkowie klanów pochodzących z mniej znanych lub ubogich regionów często próbowali uwolnić się od swojego genealogicznego statusu. Zmiany w podziale administracyjnym kraju znacząco wpływały na łączenie się lub powstawanie nowych klanów.