Po przejęciu władzy przez komunistów w Rumunii, Arsenie Boca został aresztowany w lipcu 1945 w Râmnicu Vâlcea, a po kilku dniach uwolniony. Kolejne zatrzymania duchownego przez funkcjonariuszy Securitate były związane z podejrzeniami o jego współpracę z antykomunistycznym ruchem oporu. W 1947 Boca spotkał się z gen. Dumitru Coroamą, jednym z przywódców ruchu oporu, z którym miał prowadzić konsultacje, co do planowanych działań. W 1948 Boca został aresztowany i osadzony w więzieniu w Făgăraș, gdzie spędził pięć miesięcy. Po uwolnieniu został przeniesiony do klasztoru Prislop, a stamtąd do Sinai.
Ponownie aresztowany w styczniu 1951 i internowany decyzją administracyjną do marca 1952. Po zatrzymaniu w listopadzie 1955 został skazany przez sąd wojskowy w Timișoarze na 6 miesięcy więzienia za to, że nie doniósł na studenta teologii prowadzącego działalność antykomunistyczną. Karę odbywał w więzieniu Jilava, a następnie w Oradei. Uwolniony w kwietniu 1956 otrzymał od władz komunistycznych zakaz prowadzenia działalności duszpasterskiej i zakonnej, pozostawał wtedy pod ścisłym nadzorem Securitate. W tym czasie zajął się tworzeniem ikon. Jedną z jego ulubionych postaci był katolicki św.