W kwietniu 1942 uruchomiono reaktor jądrowy, w którym znajdowało się 140 kilogramów ciężkiej wody i 750 kilogramów sproszkowanego uranu. W czerwcu tego samego roku reaktor uległ zniszczeniu w wyniku pożaru wywołanego wybuchem wodoru. Pod koniec II wojny światowej miasto było bombardowane przez wojska alianckie. Szczęśliwie jednak zniszczenia były, w porównaniu z innymi miastami niemieckimi, niewielkie. Straty poniosło głównie Stare Miasto (Altstadt), które zostało tylko częściowo odbudowane. Uratowały się jednak pozostałe dzielnice, dzięki czemu Lipsk ma dziś najlepiej zachowany zespół architektury z XIX i początku XX wieku. W latach 1949–1990 należał do NRD. Był największym miastem NRD po Berlinie Wschodnim. W 1968 wysadzono w powietrze kościół uniwersytecki św. Pawła. W latach 1968–1972 wzniesiony został wieżowiec , który z uwzględnieniem anteny do 1973 był najwyższym budynkiem na terenie obu państw niemieckich.
Od 1990 r. Lipsk leży w granicach odtworzonego Wolnego Kraju Saksonia Republiki Federalnej Niemiec. W 1999 r. dokonano ostatniego znacznego poszerzenia granic miasta, przyłączając 30 okolicznych miejscowości.
Podział administracyjny mały|upright=1.5|Okręgi administracyjne Lipska