Zmęczony obowiązkami redakcyjnymi, zaczął tworzyć scenariusze dla różnych wydawców, aż w 1994 trafił do imprintu Vertigo (DC Comics). Tam objął serię Hellblazer, którą pisał przez cztery lata, zdobywając rozgłos w amerykańskim środowisku komiksowym.
Praca dla Marvel Comics (1998–2011) W 1998 rozpoczął współpracę z Marvel Comics, tworząc m.in. sześcioczęściową historię z Werewolf By Night. Wkrótce potem, wraz z rysownikiem Jae Lee, stworzył serię Inhumans w ramach linii Marvel Knights. Dwunastoodcinkowy cykl zdobył uznanie krytyków i przyniósł Jenkinsowi nagrodę Eisnera.
W 2000 Jenkins wraz z Lee stworzył postać Sentry’ego, początkowo promowaną w formie marketingowego „odkrycia zapomnianego bohatera” rzekomo stworzonego przez Stana Lee. Postać ta później stała się częścią uniwersum Marvela dzięki serii New Avengers.
W marcu 2000 objął serię Incredible Hulk, w której skupił się na psychologicznych aspektach osobowości Bruce’a Bannera. Jednocześnie pisał Peter Parker: Spider-Man, a po zakończeniu tej serii kontynuował pracę nad Pajęczakiem w Spectacular Spider-Man przez kolejne trzy lata.
W 2001 współtworzył serię Origin, opowiadającą o dzieciństwie Wolverine’a — jeden z największych sukcesów wydawniczych Marvela tamtego roku.