Do realizacji przedsięwzięcia budowy szpitala powołano Komitet Budowy Szpitala oraz Fundację Henryka Klimontowicza. Jednak na skutek roszczeń spadkowych rodziny faktyczna kwota na budowę szpitala pomniejszyła się z 10000 do 7703złr. Wkład finansowy wniesiony do budowy szpitala był następujący: Fundacja Henryka Klimontowicza, Gminy wiejskie z powiatu gorlickiego, Gmina Gorlice, Gmina Biecz, osoby prywatne i firmy. Uroczyste otwarcie szpitala nastąpiło 1 października 1899 roku. W maju 1889 roku obiekt szpitala został wybudowany, jednak dopiero rok później został oddany do użytku. W chwili otwarcia szpital otrzymał nazwę Szpital im. cesarza Franciszka Józefa I a w 1903 roku szpital uzyskał status szpitala powiatowego został uznany jako publiczny, zmieniono nazwę szpitala na Szpital Powszechny im. cesarza Franciszka Józefa I. W 1999 roku na terenie szpitala została umieszczona tablica upamiętniająca Henryka Klimontowicza, natomiast w 2001 roku Klimontowicz Henryk został wybrany patronem szpitala w Gorlicach a szpital przyjął nazwę, Szpital Specjalistyczny im. H. Klimontowicza w Gorlicach.