Do najwyższej polskiej klasy rozgrywkowej Pocztowiec wrócił w 1988 roku, zdobywając wówczas drugi tytuł mistrza kraju. Zespół uzyskał identyczną liczbę punktów co Kolejarz Katowice i Polonia Warszawa, zwyciężając klasyfikacją małych punktów. W sezonie 1989/1990 klub uczestniczył w Pucharze Europy, przegrywając wówczas w pierwszej rundzie 5½:6½ z SO Kalitea. W sezonie 1996 zespół zajął czwartą pozycję w mistrzostwach Polski, a dwa lata później ukończył pierwszoligowe rozgrywki na trzecim miejscu, za Stilonem Gorzów Wielkopolski i Polonią Warszawa. W 1999 roku Pocztowiec ponownie zajął czwartą pozycję w lidze. Sezon 2001 poznański zespół zakończył na trzecim miejscu, za Polonią Warszawa i Maratonem Łomża. Dwa lata później Pocztowiec był piąty w lidze. W 2005 roku klub spadł z najwyższej klasy rozgrywkowej, wrócił do niej w 2007 roku, będąc jednak wówczas ponownie relegowanym. Do Ekstraligi Pocztowiec powrócił w 2009 roku. Ze względu na fuzję Pocztowca z AZS Politechniką Poznańską sekcja szachowa została rozwiązana w 2012 roku.