W 1874 roku otrzymał stopień kapitana (niem. Hauptmann) i został dowódcą kompanii. W tym samym roku oddelegowana kapitana Stoetzera na stanowisko wykładowcy w szkole wojennej w Kassel. Pozostawał w niej do 1879 roku, kiedy powierzono mu dowództwo nad kompanią w 110. Pułku Grenadierów. Dwa lata później trafił do Sztabu Generalnego, z przydziałem do sztabu 29. Dywizji Piechoty, gdzie awansował na majora. W 1884 roku przeniesiono go do sztabu XV Korpusu Armijnego. Pozostawał w XV. Korpusie do 1886 roku, po czym został członkiem Wielkiego Sztabu Generalnego. W 1888 roku awansował na podpułkownika (niem. Oberstleutnant) i otrzymał stanowisko szefa departamentu 3. i wykładowcą w Akademii Wojennej.
W 1890 roku powrócił do służby liniowej, otrzymał stopień pułkownika (niem. Oberst) i stanął na czele 32. Pułku Piechoty. Dowódcą pułku pozostawał do 1894 roku, kiedy objął funkcję dowódcy 31. Brygady Piechoty, co wiązało się z awansem na generała majora (niem. Generalmajor). Cztery lata później generał porucznik (niem. Generalleutnant) Louis Stoetzer został dowódcą 30. Dywizji Piechoty. W 1901 roku mianowany komendantem twierdzy Metz. W tym czasie podjął decyzje o rozbiórce części fortyfikacji, aby umożliwić rozbudowę miasta.