W 1863 roku Stanisław Przybyłowicz wykonał dla świątyni trzynastogłosowe organy, które zostały doszczętnie zniszczone podczas II wojny światowej. Budowla została bardzo poważnie uszkodzona podczas drugiej bitwy przasnyskiej, w dniach 13-14 lipca 1915 roku, m.in. wnętrze zostało zdewastowane, rozgrabione zostały organy. Świątynia została odbudowana dzięki staraniom księdza Stanisława Bobińskiego i księdza Jana Więckowskiego, według projektu architekta Stefana Szyllera. Dzięki staraniom księdza Jana Więckowskiego kościół został umeblowany i pomalowany według projektu Władysława Drapiewskiego, w ołtarzu głównym został umieszczony obraz świętego Antoniego Padewskiego, natomiast w bocznym obraz świętej Małgorzaty. Oprócz tego ufundowana została monstrancja, która zachowała się do dnia dzisiejszego. Podczas II wojny światowej budowla została ponownie uszkodzona: Niemcy rozebrali dach, zniszczyli wyposażenie wnętrza. Pracami remontowymi po zakończeniu wojny kierował ksiądz Józef Fydryszewski, budowla została pokryta nowym dachem, naprawione zostały okna, kościół został uporządkowany na zewnątrz. W 1951 roku dzięki staraniom księdza Mariana Olkowskiego zostały wstawione nowe stacje Drogi Krzyżowej. W 1966 roku malatura została wykonana przez Henryka Domurata z Poznania.