W maju 1941 roku w części opactwa urządzono szpital wojskowy. 2 lipca 1941 115 sióstr zostało wydalonych z obiektu przez Gestapo, a majątek wspólnoty został skonfiskowany. Zakonnice przeniosły się do innych klasztorów, tylko niektóre pozostały w Eibingen, gdzie opiekowały się rannymi jako wolontariuszki. W listopadzie 1944 kompleks uniknął zniszczenia podczas bombardowania Rüdesheimu. Szpital wojskowy zamknięto 19 marca 1945, a kilka dni później obiekt zajęły wojska amerykańskie. Klasztor zwrócono zakonnicom, przez następnych 10 lat funkcjonował tu dom dla uchodźców oraz mieszkańców miasta pozbawionych dachu nad głową. 7 września 1967 konsekrowano nowy ołtarz główny dostosowany do wymagań soboru watykańskiego II. W 1988 roku dziesięć sióstr z Eibingen reaktywowało klasztor Marienrode pod Hildesheimem. W lipcu 2025 roku klasztor zamieszkiwały 33 siostry w wieku od 34 do 94 lat.