Mimo zakazu wjazdu do Irlandii, Gonne powróciła do Dublina na początku 1918 roku. W maju została aresztowana w Dublinie pod pretekstem udziału w rzekomym „spisku niemieckim” (German Plot), w ramach którego brytyjskie władze zatrzymały wielu liderów Sinn Féin. Przewieziono ją do więzienia Holloway w Londynie, gdzie przebywała wraz z Constance Markievicz, Kathleen Clarke i innymi irlandzkimi republikankami. Początkowo osadzono je w skrzydle dla chorych na choroby weneryczne, co wywołało protest Gonne i interwencję u znajomego sędziego, skutkującą oficjalnymi przeprosinami gubernatora więzienia. Według jej własnej relacji, aby wydostać się na wolność, symulowała nawrót gruźlicy, stosując techniki autosugestii, co doprowadziło do drastycznego spadku jej wagi i przeniesienia do domu opieki. Stamtąd uciekła, myląc straże przebraniem staruszki.
Wojna o niepodległość i wojna domowa
Po egzekucji Johna MacBride'a za udział w powstaniu wielkanocnym (5 maja 1916 roku), Gonne publicznie uznała jego ofiarę dla sprawy narodowej i powróciła do używania nazwiska męża, występując jako wdowa po bohaterze.