.„Miecz i Pług” był infiltrowany przez Gestapo, co doprowadziło do podjęcia decyzji o likwidacji części kierownictwa: Anatola Słowikowskiego, Zbigniewa Grada i Czesława Kłobutta. Operację przeprowadzono 18 września 1943. Jerzy Hübner był jej przeciwnikiem, lecz po naradach, wobec zagrożenia dla organizacji, zaakceptował decyzję o likwidacjiAdam Tokarz, Szkice i materiały z dziejów „Miecza i Pługa”, cz. 1, Warszawa 2001, s. 122, 130. .

W lipcu 1944 w organizacji powstała „Instrukcja <<Zwrot>>”, zawierająca zalecenia dla okręgów w związku ze spodziewanym wejściem Armii Czerwonej. Wskazywano w niej na konieczność nieujawniania struktur i ukrycia broni. Jerzy Hübner miał znaczący wpływ na jej przygotowanieBogdan Chrzanowski, „Miecz i Pług” (Zjednoczone Organizacje Ruchu "Miecz i Pług ) na Pomorzu w latach okupacji niemieckiej 1939-1945, Toruń 1997, s. 91-92. . Kierownictwo „Miecza i Pługa” sceptycznie oceniało sensowność projektowanego Powstania Warszawskiego, obawiając się dużych strat i nie widząc szans na zwycięstwo. Pod koniec lipca 1944 odbyło się w Warszawie posiedzenie Zarządu Głównego organizacji z udziałem m.in. Jerzego Hübnera i Romana Bratnego. Uznano, że każdy członek MiP powinien indywidualnie zdecydować o ewentualnym udziale w Powstaniu.