Do 1 stycznia 2012 r. spółka obsługiwała połączenia kolejowe linii S9 zlecone przez ZTM na trasie Legionowo – Warszawa Gdańska. W tym celu spółka wypożyczyła od Przewozów Regionalnych składy EZT. Składy te w odróżnieniu od standardowych barw identyfikacyjnych KM były pomalowane w bordowo-srebrne barwy PR z doklejonymi oznaczeniami linii S9. Następnie KM zapewniała dla tej linii własny tabor oklejony w warszawskie barwy systemu SKM (kremowy-żółty-czerwony). Od grudnia 2011 roku tę linię obsługiwał wyłącznie tabor Szybkiej Kolei Miejskiej. W 2023 roku linię S9 zlikwidowanoLinia S9.
Oznaczenie Skierniewice Stacje i przystanki leżące poza województwem mazowieckim ↓ Pociągi Kolei Mazowieckich nie zatrzymują się
R-L Warszawa – Modlin (RL) mały|KML (obecnie RL) Kolei Mazowieckich jako ekspres lotniskowy w relacji Warszawa Lotnisko Chopina – Modlin na stacji Warszawa Płudy