Podstawowym produktem ubocznym syntezy jest woda.
Ogólny zapis reakcji tworzenia węglowodorów może wyglądać następująco:
gdzie n określa liczbę atomów węgla, a 2m atomów wodoru w cząsteczce produktu.
Dwie główne reakcje: tworzenia alkanów: + (2n + 1) tworzenia alkenów: + 2n Inne reakcje: reakcja tworzenia alkoholi: + 2n + (n − 1)
reakcja tworzenia aldehydów: (n + 1) + (2n + 1) Najważniejszą reakcją uboczną syntezy FT jest reakcja konwersji gazu wodnego (WGS, z ang. water gas shift):
Reakcja ta nie jest do końca niepożądana ze względu na zużywanie wody. Bardzo często reakcja WGS osiąga stan równowagi.
Innymi, ubocznymi i skrajnie niepożądanymi są reakcje, w których powstaje węgiel pierwiastkowy. Produkt ten osadza się na powierzchni katalizatora, powodując jego dezaktywację. reakcja Bouduarda:
reakcja tworzenia węgla z tlenku węgla i wodoru:
Wszystkie reakcje zachodzące podczas syntezy Fischera-Tropscha są silnie egzotermiczne.