Od 31 sierpnia 2005 do 30 września 2019 był równolegle pracownikiem Uniwersytetu Pedagogicznego im. KEN w Krakowie w Instytucie Matematyki. W przeszłości, po zdobyciu stopnia doktora habilitowanego, pracował też przez pewien czas na Uniwersytecie Georgii oraz University of Tennessee w USA.
Od 1995 roku jest kierownikiem Katedy Zastosowań Matematyki (przed 2008 rokiem: Zakładu Zastosowań Matematyki) Uniwersytetu Rolniczego w KrakowieKatedra Zastosowań Matematyki, strona Uniwersytetu Rolniczego [dostęp 10.12.2025]. Pełni funkcję Koordynatora Dyscypliny Matematyka na tejże uczelniKoordynatorzy Dyscyplin, strona Uniwersytetu Rolniczego [dostęp 10.12.2025].
Popularyzator matematyki Marek Ptak przyczynił się do ogłoszenia przez Senat Rzeczypospolitej Polskiej roku 2019 Jubileuszowym Rokiem Matematyki, a Polskie Towarzystwo Matematyczne mianowało profesora Ptaka krajowym koordynatorem obchodów Roku MatematykiJubileuszowy Rok Matematyki 2019 [dostęp 10.12.2025]. Efektem tych działań był między innymi projekt Fraktal na stulecie, w ramach którego ok. 20.000 uczniów z całej Polski tworzyło żywe aproksymacje fraktali przypominające trójkąty Sierpińskiego.