Nie tłumaczyły też, w jaki sposób układ immunologiczny rozpoznaje guzy nowotworowe, wywołuje choroby autoimmunologiczne czy generuje reakcje alergiczne.
Seung-Yong Seong i Matzinger zaproponowali, że odsłonięte hydrofobowe regiony cząsteczek biologicznych należą do tzw. cząsteczek związanych z uszkodzeniem (DAMPs) w modelu zagrożenia. Pod wpływem stresu, komórki fałdują i denaturują swoje białka, odsłaniając hydrofobowe fragmenty, które zlepiają się, aby unikać kontaktu z wodnym środowiskiem.
W artykule opublikowanym w 2013 roku w „Nature Immunology” Matzinger podkreśliła główną konsekwencję modelu zagrożenia: to tkanki organizmu sterują odpowiedziami immunologicznymi. Matzinger wysunęła teorię, że w miarę jak badania coraz silniej pokazują, że mikrobiom poszczególnych narządów kieruje ich funkcjami i sygnałami, to mikroby mogą okazać się głównymi regulatorami odpowiedzi układu odpornościowego.