Historia Komisja została powołana uchwałą Konferencji Rektorów Polskich Uczelni Technicznych 17 lutego 2001 roku. Działalność KAUT nawiązuje do Porozumienia KRPUT w sprawie zapewnienia jakości kształcenia, które nakłada na uczelnie zobowiązanie do rozwijania spójnych procedur oceny programów studiów, podnoszenia jakości kształcenia oraz tworzenia warunków dla mobilności studentów. Pierwsza kadencja Komisji rozpoczęła się 15 marca 2001 roku; członkowie są powoływani na okresy odpowiadające kadencjom władz uczelni, z półrocznym przesunięciem, a w skład KAUT wchodzą reprezentanci uczelni będących sygnatariuszami porozumienia KRPUT. Pierwsze posiedzenie plenarne Komisji odbyło się w Akademii Górniczo-Hutniczej w Krakowie w dniach 2–3 kwietnia 2001 roku. KAUT stopniowo rozszerzała zakres akredytacji na kolejne kierunki studiów w politechnikach i innych uczelniach technicznych, dostosowując kryteria oceny do zmian w polskim systemie szkolnictwa wyższego oraz do europejskich standardów jakości kształcenia inżynierów. W 2013 roku KAUT uzyskała uprawnienia do nadawania europejskiego certyfikatu jakości EUR-ACE® Label programom inżynierskim w Polsce w wyniku pozytywnej oceny procedur akredytacyjnych pod kątem zgodności z europejskimi standardami ENAEE.