Podział trójdzielny, jako zbyt schematyczny i ogólny był wielokrotnie krytykowany. Wskazywano, że Brucker (a za nim Tennemann i inni) przeprowadził go w oparciu o pewną koncepcję rozwoju myśli filozoficznej, w której kryterium wartościującym była systemowość filozofii. Stąd też prowadził on do nadmiernego uproszczenia historii filozofii i zagubienia specyfiki wielu myślicieli, przede wszystkim całej filozofii renesansu (uznanej za kontynuację wcześniejszych nurtów).
Z tego powodu, wielu współczesnych historiografów filozofii zrezygnowało z wyróżniania tak szerokich epok, dzieląc historię filozofii na mniejsze jednostki chronologiczne i geograficzne, .
Podział na filozofię starożytną, średniowieczną i nowożytną, jest jednak nadal luźno stosowany w wielu pracach. Okres patrystyczny i renesans są często uważane za okresy przejściowe.
Odmienna konwencja chronologiczna przyjęta jest w wielu pracach polskich historyków filozofii. Wyróżnia się w nich: filozofię starożytną, filozofię średniowieczną, filozofię nowożytną, filozofię współczesną.