W dniach 10–14 września 1939 na bazie batalionu zapasowego (mobilizowany od 31 sierpnia) i Oddziału Desantowego (utworzony 2 sierpnia) sformowano dwa bataliony morskie, złożone ze spieszonych podchorążych Szkoły Podchorążych Marynarki Wojennej w Gdyni i marynarzy rezerwy. Dowódcami batalionów zostali kmdr Pawłowski i kpt. mar. Marian Foltyn (początkowo por. mar. Władysław Galiński). Marynarze zostali przemundurowani w polowe mundury wojsk lądowych, oficerowie i podchorążowie starszego rocznika zatrzymali garnizonowe czapki marynarskie, młodsi podchorążowie i rezerwiści w większości z własnej inicjatywy umieszczali orzełki Marynarki Wojennej na czapkach polowych.
Większość stanu osobowego Flotylli 20 września, po zatopieniu jednostek pływających, wymaszerowała na rozkaz gen. Kleeberga w kierunku Lubieszowa i Włodawy, z zamiarem przebijania się w kierunku Rumunii. 22 września, pozbawiony łączności z dowództwem gen. Kleeberg, zdecydował podjąć marsz z odsieczą dla Warszawy. 28 września zmienił nazwę swych wojsk na SGO „Polesie”.