Rozgrywka W The Alters gracz przejmuje kontrolę nad Janem Dolskim, budowniczym uczestniczącym w kosmicznej ekspedycji Project Dolly. Aby przeżyć, bohater musi poruszać się po powierzchni planety przy użyciu ogromnej, poruszającej się bazy w kształcie koła, stale uciekając przed słońcem emitującym śmiertelne promieniowanie. Gra należy do gatunku survival, kładąc nacisk na eksplorację planety oraz wydobycie zasobów i materiałów niezbędnych do utrzymania i rozbudowy bazy.
Gracz zobowiązany jest do budowy infrastruktury, takiej jak pylony energetyczne, które zapewniają zasilanie dla urządzeń wydobywczych. System rozbudowy bazy wykazuje podobieństwa do mechanik znanych z gier Fallout Shelter oraz X-COM, polegających na dołączaniu nowych pomieszczeń i modułów, rozwijaniu funkcjonalności bazy oraz dbaniu o dobrostan załogi. Rozgrywka podzielona jest na segmenty czasowe — wschód słońca prowadzi do unicestwienia całej załogi. Jedna sekunda czasu rzeczywistego odpowiada jednej minucie czasu w grze.