Jego śmierć w Żółkwi na atak serca (13 czerwca 1646 r.) poprzedził konflikt z Władysławem IV na tle planowanej przez króla wojny z Turcją.
10 sierpnia w Paryżu, gdzie wiadomość o śmierci ojca zastała synów Jana i Marka, odbyła się msza żałobna z udziałem wielu znaczących ludzi we Francji, celebrowana przez samego legata papieskiego. Oprócz aktu kurtuazji według synów, świadczyło to też o pozycji i prestiżu, jakim cieszył się zmarły. W opinii siedemnastowiecznego angielskiego biografa był „osobą wybitną zarówno dzięki swym umiejętnościom w sprawach państwowych, jak też odwadze i zdolnościom dowódczym w polu”Scanderbeg Redivivus. An Historical Account of the Life and Actions of the Most Victorious Prince John III of Poland..., London 1684 [cytat za:] Zbigniew Wójcik, Jan Sobieski, Warszawa 1983, s. 30)..
Dzieła Spuścizna pisarska Jakuba Sobieskiego jest dosyć obszerna. Należą do niej mowy, diariusze z wypraw wojennych (wyprawa chocimska, moskiewska, rokowań ze Szwedami w 1629 roku) oraz instrukcje Sobieskiego dla synów, których wysłał na studia do Krakowa w 1639 i do Francji w 1645 roku. Te ostatnie stanowią znakomite odzwierciedlenie ówczesnego programu wychowania magnackich dzieci.