Do jego pierwszych podopiecznych należał między innymi Kevin Kampl, obecnie zawodnik RB Leipzig. alt=Slawomir Czarniecki podczas treningu|mały|Slawomir Czarniecki podczas treningu W 2006 roku został asystentem dyrektora sportowego klubu, współpracując z Rudim Völlerem i , jednocześnie kontynuując pracę jako trener grup młodzieżowych U12–U19. W tym okresie uczestniczył w procesach rekrutacyjnych akademii, będąc zaangażowanym w pozyskanie do klubu między innymi Kaia Havertza.
Kolejne stanowiska w strukturach klubu: 2013–2014: Koordynator rozwoju talentów 2014–2019: Koordynator sportowy 2019–2022: Koordynator pierwszej drużyny i akademii od 2022: Dyrektor sportowy akademii
Kai Havertz Czarniecki był jednym z pierwszych trenerów i mentorów Kaia Havertza w akademii Bayeru. W 2020 roku Bayer sprzedał Havertza do Chelsea za około 100 milionów euro. Czarniecki wystąpił jako jeden z głównych bohaterów w klubowej dokumentacji filmowej poświęconej rozwojowi kariery Havertza.
Lechia Gdańsk W sezonie 2022/2023 został powołany do rady nadzorczej Lechii Gdańsk S.A., gdzie pełnił funkcję od 21 listopada 2022 do 28 sierpnia 2023 roku.